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Fondation privée spécialisée dans la recherche médicale, l’Institut Pasteur de Lille est totalement indépendante de son homologue parisien, que ce soit d'un point de vue financier comme juridique. L'Institut est reconnue d’utilité publique en 1898 et demeure financièrement indépendant à ce jour, bien que les subventions représentent en moyenne 25% de ses ressources. Il est possible de faire un legs ou de faire un don pour la recherche à destination de l’Institut : la dimension du mécénat est ainsi une composante essentielle des activités de la fondation, qui permet de financer la recherche fondamentale. L’Institut Pasteur de Lille dispose de plusieurs pôles ou unités de recherche, qui s’occupent chacun de pathologies spécifiques : maladies cardiovasculaires, diabète, maladies liées à l’âge, etc.. La recherche appliquée et la formation sont également des prérogatives de l’Institut, qui s’attache à assurer des missions d’expertise, notamment dans le domaine de l’alimentation.